Son habilidades genéticas que son transmitidas en clanes específicos. Los Kekkei Genkai y sus Jutsus no pueden ser copiados ni enseñados, pero existen varias excepciones.

Existen tres tipos principales de kekei genkai uno de ellos son los Dōjutsu los cuales son jutsus oculares. Otro tipo de Kekkei Genkai es el que se obtiene cuando se une simultáneamente dos tipo de naturaleza de chakra creando un nuevo elemento avanzado. El tercer tipo se clasifica como habilidades sobrehumanas únicas como el Shikotsumyaku del Clan Kaguya o la habilidad especial de Sakon y Ukon.

Sharingan: Una de las principales habilidades del Sharingan es la de poder ver el Flujo de chakra de las personas. Aparte de esas habilidades una de las más conocidas, es el poder de comprender, captar o copiar cualquier tipo de Ninjutsu, Genjutsu y Taijutsu y utilizar dichas técnicas como si fueran suyas e incluso modificarlas para obtener una mejor técnica tomando como base el principal jutsu imitado. Otra habilidad que tiene el Sharingan es la capacidad de realizar los Genjutsu más poderosos que existen hasta convencer al cerebro de que es real. La última y más poderosa habilidad, es la de controlar Bestias con Cola.

Byakugan: Es un Doujutsu hereditario dentro del Clan Hyūga que a diferencia del Sharingan se manifiesta desde el nacimiento. Las personas que tienen este Kekkei Genkai se puede diferenciar facilmente debido a que desde pequeños poseen los ojos de color blanco malva. No solamente eso, también es que esta técnica la tienen toda aquella gente que tenga sangre Hyuga. Este Dojutsu tiene 2 fases: una pasiva y otra activa. En la pasiva se refiere cuando esta desactivado, osea es cuando su ojos estan normales. Pero al activarse parece como si las blancas pupilas se agrietaran, a la vez que se marcan todas las venas de las templas alrededor de sus ojos. Al ser un dojutsu tiene la capacidad de ver a traves de los genjutsu, taijutsu y ninjutsu sin mayores problemas. Pero sus capacidades prinicipales se basan en una visión superior, otorgando una esfera completa de visión, es decir de 360°, excepto por un punto ciego en forma de cono que se encuentra detrás del cuello por encima de la primera vértebra torácica. Los usuarios del Byakugan pueden detectar cualquier cosa alrededor de ellos dentro de un radio de más de 1000 m, mientras mayor es la habilidad del usuario con el Byakugan, mayor radio posee.Este dōjutsu también presenta visión telescópica, es decir la capacidad que tiene un usuario de enfocarse en una zona en específica dentro campo visual según el requerimiento del momento en que se utilice. Otra habilidad es la de ver a través de los cuerpos, permitiendo también ver con sumo detalle el sistema circulatorio de chakra de los demás (permitiendo el uso de jūken) y ver los tenketsus del cuerpo, con suficiente claridad como para golpearlos. Es por esta habilidad que no puede definir entre los bunshin en los que se reparte el chakra igualmente entre los cuerpos.El usuario del Byakugan puede mediante este anticiparse al efecto que tendrán las técnicas del contrario, debido a que en el momento de realización se logra ver el tipo de moldeo de chakra que esta utilizando, prediciendo de esta forma factores de la técnica que realizará como su magnitud, la cantidad de chakra en ella, entre otros; en otras palabras, observando la realización de la técnica usualmente la comprende, utilizando sus efectos para sí o esquivándola con mayor eficacia.

Mokuton: Es un elemento avanzado que se obtiene al combinar los elementos agua y tierra. Al fusionar estas 2 naturalezas de chakra, el portador crea una nueva forma de vida. Los jutsus que utilizan este elemento pueden realizarse desde cualquier lugar, incluyendo el cuerpo del usuario, creando raíces y flores. La madera puede ser cambiada de forma; ya sea para crear amplias armas de combate o crear un gran paisaje en pocos segundos, el chakra del usuario está literalmente convertido en una fuente de vida.Hashirama Senju fue el usuario original y creador de este elemento, ya que no se ha visto que otros miembros del Clan Senju tengan la capacidad de realizarlo. Por habilidades como estas, Hashirama pudo obtener el título de Primer Hokage, y con su Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles fue capaz de hacer crecer los árboles que sirvieron como fundamento de Konoha. Esta técnica le permitió remodelar por completo los campos de batalla a su favor.Madara Uchiha, después de su enfrentamiento contra Hashirama Senju en el Valle del Fin, adquirió una parte de su ADN y logró ser capaz de utilizar el Elemento Madera, como resultado, que se muestra a través de su demostración utilizando el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles, que le permite crear un bosque en muy pocos segundos y Elemento Madera: Advenimiento de un Mundo de Árboles de Flores que le permite crear flores gigantes que dañan al enemigo. Estas habilidades lo convierten en el usuario del Elemento Madera con mayor dominio después del Primer Hokage.

Ranton: Es el conjunto de técnicas que combinan el Elemento Agua y el Elemento Rayo para crear brillantes vigas de electricidad que fluyen como el agua.

Hyōton: Es un elemento avanzado que se crea a partir de la combinación del Elemento Agua y el Elemento Viento. La fusión causa que el usuario al desprender chakra hacia el aire de su alrededor, éste se vuelva frío, congelando el agua de la atmósfera o la que está presente en su medio, permitiendo cambiar su forma ya sea para crear objetos o armas de hielo.

Futton: Es un chakra avanzado que se crea al combinar simultáneamente, el Elemento Fuego con el Elemento Agua. Esta naturaleza de chakra permite al usuario liberar un vapor con propiedades corrosivas siendo capaz de derretir cualquier cosa, incluso el portador es capaz de controlar el rango de acidez.El Elemento Vapor también es utilizado por la Bestia con Cola Kokuō y sus Jinchurikis: Han y Naruto Uzumaki, en donde el usuario calienta su Chakra hasta llegar al Punto de Ebullición liberándolo en forma de vapor haciendo en cualquier caso hervir agua o derretir hielo instantáneamente con solo el contacto.

Shakuton: Este es un tipo de naturaleza avanzada. Este elemento permite al usuario crear un gran calor capaz de calentar a un enemigo de tal forma que todos sus líquidos internos se evaporan y su cuerpo queda disecado provocando su muerte inmediata.

Shikotsumyaku: Es el Kekkei Genkai que da la capacidad de manipular su propia estructura esquelética u ósea. Al infundir su calcio con chakra, el usuario puede manipular el crecimiento y las propiedades de sus huesos a gusto.