El Clan Ōtsutsuki es un clan de seres alienígenas que llegaron a la Tierra aproximadamente hace unos 1.000 años. Los Ōtsutsuki tuvieron una gran influencia en la humanidad, comenzando la historia de los Shinobis.

Al ser los ancestros de todos los Shinobis, son los progenitores de clanes notables en el mundo como el Senju, Uchiha, Hyūga, Uzumaki y Kaguya. Por otro lado los Ōtsutsuki de la Luna fueron los creadores de las Marionetas y por lo tanto de su utilización en combate.

Aldea: Konoha

Trasfondo:

Un clan sin duda alguna más que misterioso. Este clan es conocido sobre todo por su relación con los insectos los cuales utilizan como armas de combate. Este clan, mantiene un pacto con insectos en el cual los insectos se alimentan del chakra de los mimbros del clan a cambio de servir para ellos en los combates. Los miembros del clan mantienen su cuerpo repleto de insectos por el interior, haciendo salir a estos, de manera abundante, cuando se les necesita en un combate. Estos insectos son sumamente temibles, escurridizos y poderosos, siendo capaces de llegar al cuerpo del adversario sin este notarlo, y en un abrir y cerrar de ojos, este puede estar repleto de insectos que trataran de comer el chakra del enemigo.

Apariencia: La vestimenta de los miembros del Clan Aburame es muy distintiva y le agrega un aire aun más misterioso al que ya llevan con la reputación de su clan. Siempre llevan gafas oscuras que no permiten ver sus ojos y abrigos de manga larga con cuelleras que incluso llegan a tapar la boca de estos. Sumado a esto la personalidad sumamente introvertida que involucra decir solo lo necesario en el momento necesario.

Técnicas: Técnicas relacionadas con insectos.

Ninjas destacados: Shibi y Shino

Aldea: Konoha

Trasfondo:

Es el clan más ancho de huesos de todo Konoha. Conocidos por su adicción a la comida, este clan posee una de las técnicas más destructivas de toda la villa. Su capacidad de aumentar el volumen de su cuerpo, bien sea completo o por extremidades, técnica que les sitúa con una clara ventaja ante muchos rivales.

Este clan además, se le conoce por utilizar unas píldoras especiales en combate, específicamente tres píldoras de diferentes colores, cada una otorgando un nivel de poder diferente, siendo la última de estas píldoras capaz otorgar un poder de ataque y velocidad de hasta 100 veces más que la original.

Apariencia: La característica más evidente de los miembros del Clan Akimichi, sin duda alguna es su corpulencia, comparable a la de luchadores de sumo. A esto se le puede sumar la característica de que sus rostros suelen estar pintados con diferentes símbolos, especialmente en el área de las mejillas.

Técnicas: Técnicas que envuelven incrementar el tamaño del cuerpo y las extremidades.

Ninjas destacados: Choza y Chouji 

Aldea: Konoha

Trasfondo:

Es el clan más poderoso de la villa oculta junto al Clan Uchiha. Su potencial es el más fuerte de los dos clanes debido a la cantidad de miembros que lo componen. Su técnica más preciada es el Byukugan u ojo blanco, técnica capaz de otorgar un campo de visión de casi 360º que permite ver a través de los objetos y que tiene un rango                   de visión de 50 metros.

Su descendencia es muy extensa. Sabemos que hay un elevado número de miembros, pero conocemos que existen dos ramas de miembros. Pese a que cualquiera de los miembros puede ser heredero del Byukugan, el clan esta dividido en dos ramas. Sus nombres son Bouke y Souke. Pertenecer a una u otra clase es independiente de las cualidades que muestre el miembro como ninja del clan.

El Souke, o heredero superior, son aquellos miembros que se dedican al pleno entrenamiento de su ojo y su mejor desarrollo. Preparan en todos los sentidos su barrera de sangre y tratan de sacarle el mejor partido de ella. El Bouke, o heredero inferior, son aquellos herederos del clan que nacen para defender a los miembros del Souke. Luchan para protegerlos y sacrifican sus vidas si es necesario por ellos, incluso aunque defenderles suponga renegar al entrenamiento de su propia barrera de sangre.

Las razones por las cuales se decidió separar al clan en dos ramas no sabemos de cuando datan, sin embargo, si conocemos la razón por la cual los actuales herederos del clan forman parte de una rama u otra. Nacieron dos hermanos gemelos, Hiashi y Hizashi Hyuga. Hiashi nació antes que su hermano y se destino a ser heredero del Souke. Hizashi que nació segundos más tardes fue condenado a proteger a su hermano y a los hijos de este hasta que la muerte se lo impidiese.

Todo miembro del Bouke es marcado con un sello maldito el cual es colocado en la frente y es representado por el símbolo manji de la religión budista. Este sello permite a los Souke controlar a los Bouke en caso de traición, además, el sello hace que la técnica del byakugan no sea revelada cuando el usuario muere, momento en que desaparece el sello.

Apariencia: Sin duda alguna la manera más fácil de distinguir a un miembro del Clan Hyuga son sus ojos completamente blancos. Los miembros en su mayoría son de pelo largo y lacio. Además, sus miembros mayores suelen llevar el kimono tradicional japonés.

Técnicas: Byakugan y jyuken.

Ninjas destacados: Hiashi, Hizashi, Neji, Hinata y Hanabi 

Aldea: Konoha

Trasfondo:

El Clan Uchiha, es junto a Clan Hyuga uno de los clanes más poderosos de Konoha. Se caracteriza por ser el clan más temido debido a sus técnicas empleadas. El Sharingan, técnica más representativa del clan y heredada por barrera de sangre, tiene la capacidad de manipular la mente del adversario mediante el genjutsu, por medio de la pupila del ojo, además de poder copiar las técnicas del adversario, entre otras cosas. Técnica que además posee una capacidad evolutiva que se refleja en la forma que adquiere la pupila al momento de usar la técnica, y que además aumenta las capacidades del que lo posee.

Su descendencia, a diferencia del Clan Hyuga, esta reducida considerablemente. Tres años atrás, respecto a la fecha donde se desarrolla el comienzo de la serie, uno de los descendientes Uchiha, Itachi, fue autor de la matanza a sangre fría de los miembros del clan dejando vivo solo a uno, Uchiha Sasuke, su heramano menor, todo con tal de pobrar su poderío tras obtener la última evolución del sharingan, conocida como mangekyou sharingan, que solo tres miembros del clan hasta ese momento habían logrado conseguir. Culpado por la autoría de los hechos acontecidos, Uchiha Itachi deserta de la villa y se convierte en un criminal de rango-S y se une a la organización criminal de los Akatsuki, dejando reducida la herencia del clan a un miembro.

El símbolo de la familia, parecido a una raqueta de ping pong, es un abanico tradicional japonés de papel. Dicho símbolo esta también presente en el emblema de la policía de la villa, esto se debe a que este clan era el encargado del orden público de la aldea (policías). La forma característica del símbolo familiar (que sasuke usa en su chaqueta) representa al Katon o la capacidad del clan para manipular el fuego. El símbolo del clan por tanto significa "aquel que domina el fuego". Es por esta razón por la cual el katon se convierte en una de las primeras técnicas aprendidas por un niño Uchiha, y que a su vez el poder realizarla es parte del orgullo del clan.

Apariencia: No existen muchos rasgos distintivos en el Clan Uchiha en cuanto a apariencia se refieren, aunque la mayoría de sus miembros poseían en común sus ojos profundos con la pupila amplia color negra (cuando no tenían el sharingan, claro) y el cabello negro.

Técnicas: El sharingan y sus evoluciones, y técnicas de fuego.

Ninjas destacados: Fogaku, Obito, Sasuke, Itachi y Madara

Trasfondo:
En el caso de la familia Nara su técnica más importante es la atadura de sombra y sus variantes, técnica que Shikaku Nara, cabeza de familia y representante actual de ésta, enseña a su hijo Nara Shikamaru, futuro acreedor de la descendencia. En esta ocasión Shikato Nara y Nara Shikamaru.

Además de sus técnicas, el Clan Nara a llevado la tradición del pastore
El apellido Nara, junto al apellido Yamanaka, representa una de las familias más ilustres de Konoha y a su vez prestigiosa.

La diferencia más relevante y razón por la cual se consideran familias y no clanes es, su forma de traspaso de las técnicas de generación en generación. A diferencia de los clanes, que transmiten sus técnicas por barreras de sangre, las familias han de hacerlo por el método tradicional: De maestro a alumno, de padres a hijos.

o de ciervos de generación en generación.

Apariencia: Los miembros del Clan Nara tienen una apariencia dejada, que va en acorde con su fama de vagos. Además, llevan el pelo largo en cola de caballo.

Técnicas: Técnicas relacionadas con la atadura de sombras.

Ninjas destacados: Shikaku y Shikamaru 

El clan uzumaki es un clan prominente en la de Tierra de los Remolinos.El símbolo ninja de Konoha que aparece en sus uniformes y armaduras, así como sobre los hombros de sus uniformes, es una señal de amistad y buena voluntad entre los dos pueblos, y seguirá haciéndolo hasta la fecha, en recuerdo de su amistad e incluso años después de la destrucción de esta aldea ninja.Los miembros de este clan son muy conocedores de fūinjutsu. Esta tecnica les ganó fama en todo el mundo y el miedo, lo que llevó a la destrucción de Uzushio, y el resto de la Tierra de Remolinos en la época de la Gran Guerra Ninja.Con la destrucción de su patria, los sobrevivientes huyeron del país y pasan a la clandestinidad dispersos por todo el mundo. Los miembros de este clan tienen una longevidad increíble.Un caso notable es el de Mito Uzumaki, quien vivió desde antes de la fundación de Konoha hasta bien entrado el período del Tercer Hokage. Este dinamismo fue la razón de que Kushina Uzumaki sobreviviera a la extracción de la bestia de cola, aunque estaba muy debilitada.

Aldea: Konoha

Trasfondo:

Conocidos por su relación con los animales, en concreto los caninos, el Clan Inuzuka goza de una técnica similar a la del Clan Aburame. A través de sus animales estos se ayudan y se refuerzan mutuamente, utilizando a sus perros en combate y considerando a estos como parte de la familia. Es por esto, que los miembros del clan nunca se separan de sus animales, hasta el punto de poder comunicarse entre sí como se ve en la relación entre Kiba y Akamaru. Otra característica, es que los miembros del clan poseen habilidades que normalmente asociamos a un canino, como su gran olfato.

Apariencia: Los miembros de este clan tienen una marca característica en la mejilla que consta de un triángulo rojo mirando hacia abajo y sus ojos presenta un trasunto canino.

Técnicas: Técnicas relacionadas con el uso de los perros y el olfato.

Ninjas destacados: Tsume, Hana, Kiba y Akamaru

Aldea: Konoha

Trasfondo:

Esta familia representa, junto a la familia Nara, dos de las familias más célebres de Konoha. Al igual que el Clan Nara, el Clan Yamanaka podría ser más bien considerado una familia, dado que a diferencia de los clanes, que transmiten sus técnicas por barreras de sangre, las familias han de hacerlo por el método tradicional: De maestro a alumno, de padres a hijos.

Yamanaka es el apellido que cubre a una de las descendencias de los mejores ninjas espías de la villa oculta de la hoja. Prestigiosos por su gran técnica de espionaje mediante la invasión de cuerpos.

Además de sus técnicas, el Clan Yamanaka mantiene una tienda de arreglos de flores en Konoha, atendida por Ino y su madre.

Apariencia: La apariencia de los miembros del Clan Yamanaka se caracteriza por sus cabellos rubios y extremadamente largos.

Técnicas: Relacionadas con el cambio de cuerpo y la confusión mental.

Ninjas destacados: Inoichi y Ino

Aldea: Ninguna, clan nómada

Trasfondo:

Kimimaro es el único miembro superviviente que conocemos de este clan. Al igual que otros muchos clanes, su exterminio fue inminente durante las guerras ninjas. Kimimaro fue el único superviviente que paso a ser discípulo de Orochimaru, como miembro de la Villa Oculta del Sonido.

El Clan Kaguya era un clan casi kamikaze a los que les encantaba luchar, el campo de batalla era el único lugar en el que podían encontrar su paz interior. ‘’No son más que unos estúpidos idiotas que tienen prisa por morir’’, decía Orochimaru para definirlos; fue un suicidio colectivo. El líder del clan decidió enfrentarse en batalla contra la Villa oculta de la Niebla, para exterminarla, pese a saber que los desarraigados podrían ser ellos. Su afán por la lucha como medio de existencia les comprometía a cometer actos tan insolentes como la guerra a la Niebla. Este clan puede alterar sus huesos para que estos cojan la forma deseada y ser expulsados por cualquier parte del cuerpo.

Durante esta lucha, Kimimaro, quien yacía confinado en una celda tras ser encerrado por los mismos miembros de su clan, fue liberado para luchar con ellos en una batalla final, que sin más les deportaría a la muerte. Este fue el fin de un clan con afán de lucha desmesurada y poca supervivencia. Kimimaro, que no lograba comprender los retos que su propio clan se propopuso buscar su propia razón para vivir y Orochimaru le dio los motivos suficientes para volver a vivir con ánimos de supervivencia.

Cabe añadir, que este clan sufría una enfermedad degenerativa que llevaba a sus miembros a la muerte a muy temprana edad, enfermedad que acabo de extinguir el clan tras la muerte de Kimimaro a causa de esta.

Apariencia: Los miembros del Clan Kaguya podían ser reconocidos por llevar dos puntos rojos en la frente, además de su mirada psicótica.

Técnicas: Manipulación de los huesos y creación de huesos nuevos.

Ninjas destacados: Kimimaro

Uno de los fundadores de Konoha, junto con el clan Uchiha, su líder, Hashirama, era capaz de usar el elemento madera y controlar Bijūs.se puede decir que este clan es un clan de hokages y aunque el clan uzumaki todavia no se ha redactado también desciende de uno de los hijos del sabio de los 6 caminos.

Se dice que al principio de la historia, existió un ninja conocido como "El Sabio de los 6 caminos", poseedor de uno de los dōjutsu más poderosos, el Rin'nengan", este sabio tuvo 2 hijos, uno había nacido con sus ojos, su poderoso chakra y su energía espiritual, mientras que el menor, nació con su poderoso cuerpo, su energía física, y su fuerza de voluntad, de este legado se derivan, el Clan Uchiha (hijo mayor) y el Clan Senju (hijo menor). El Rikudō Sennin debía elegir un sucesor, y escogió a su hijo menor por su fuerza de voluntad y su compasión, su hermano no admitió esto y atacó a su hermano con odio, y sus descendientes conservaron esa rivalidad a través de las generaciones. Durante la fundación de Konohagakure, los grandes líderes de estos dos grandes clanes fusionaron sus poderes con el fin de hacerse con el control sobre los otros clanes más débiles. Más tarde como el nuevo pueblo se fundó todavía en fase de desarrollo, tanto los grandes líderes del Clan Uchiha como del Clan Senju, contradictorios en sus filosofías y resoluciones para el pueblo de Konoha; provocó un conflicto, una batalla por la supremacía de los dos líderes del Clan, Hashirama Senju y Madara Uchiha. Sin embargo, Hashirama Senju ganó la batalla en el Valle del Fin, superando al poderoso Mangekyō Sharingan Eterno de Madara y al Kyūbi que estaba bajo su control, fue dado por muerto y así Hashirama Senju obtuvo el título de Primer Hokage.
La derrota de Madara le llevó desertar del pueblo y de su propio Clan. Se desconoce qué ha sucedido con el Clan Senju más tarde, pero se supone que el Clan, hoy en día se considera el pueblo de Konoha, que con el tiempo se redujo su nombre y se dividió en varios clanes menores. Tsunade y Nawaki, sin embargo, son descendientes directos de Hashirama, el líder del clan. En el manga 462, se revela, aunque de una forma muy vaga, que Naruto está relacionado con el Clan Senju y que lo ocurrido con Sasuke es obra del destino, por la rivalidad eterna de este con el Clan Uchiha.

El Clan Jyugo es un clan que tiene la habilidad innata para absorber la Energía Natural de su entorno, debido a sus cuerpos especiales.Negativamente, la repentina e incontrolable subida de la tensión resultante como un efecto crónico de esta energía, les hizo convertirse esporádicamente en locos.

El único miembro conocido es Jūgo, quien se decía que voluntariamente había ido a Orochimaru con la esperanza de que podía ser curado de sus ataques de ira. De acuerdo con Kabuto Yakushi, las investigaciones posteriores de Orochimaru le permitieron descubrir que el origen del poder del clan estaba en la Caverna Ryūchi, pero que no pudo obtener completamente esa capacidad de absorber la energía natural ya que su cuerpo no lo podía soportar