Equipo Tobirama:
Miembros: Sarutobi, Mitokado Homura, Utatane Koharu, Nidaime Hokage.
Líder de Grupo: Tobirama Senju
Unos de los grupos más relevantes de la serie, el grupo de Nidaime Hokage sin duda fue uno de los más poderosos, teniendo en cuenta que Sarutobi el que vendría a ser tercer Hokage estaba presente.
Equipo Hiruzen:
Miembros: Sarutobi, Orochimaru, Jiraiya, Tsunade.
Líder de Grupo: Sandaime Hokage (Sarutobi)
El equipo de Sarutobi mas tarde sería conocido como el de los Sannin de Konoha, un gran título para ninjas tan fuertes como estos. Durante su batalla con Hanzo, los tres fueron nombrados como los Legendarios Sannin de Konoha.
Equipo Jiraiya:
Miembros: Minato Namikaze (Yondaime), dos miembros mas que no conocemos.
Líder de Grupo: Jiraiya
El Equipo Jiraiya fue un equipo Genin liderado por Jiraiya en algún momento después de dejar a los huérfanos de la lluvia (Nagato, Konan y Yahiko). Su único miembro conocido, Minato Namikaze, más tarde se convertiría en el Cuarto Hokage.
Equipo Minato:
Miembros: Yondaime Hokage, Uchiha Obito, Hatake Kakashi, Rin.
Líder de Grupo: Yondaime Hokage
Se sabe que el grupo estaba conformado cuando estos tres shinobis eran Chūnin, excepto Kakashi quien había ascendido a Jōnin recientemente.
Durante la Tercera Guerra Shinobi el equipo tuvo la misión de destruir el Puente Kannabi para poder cortar la vía de suministro de los ninjas de Iwagakure. Aunque pudieron terminar la misión, fue a costa de la vida de Obito quien intentó con Kakashi rescatar a Rin la cual fue capturada. Mientras estaba aplastado Obito le entregó su Sharingan como obsequio a Kakashi. Obito no murió sino que fue salvado por Madara uchiha y tras varios sucesos decido unirsele tomando un nuevo camino y una nueva identidad, haciéndose llamar "Tobi".
Equipo 8 ( Equipo Kurenai):
Miembros: Yuuhi Kurenai, Aburame Shino, Hyuuga Hinata, Inuzuka Kiba - Akamaru.
Líder de Grupo: Yuuhi Kurenai
Es un equipo de mucho esfuerzo, ya que siempre que se mostraban se veía como trabajaban arduamente por superarse a sí mismos. Es un equipo bastante equilibrado, y perfecto para rastrear al enemigo a la perfección ya que utilizan el olfato de Kiba para localizar al enemigo, la visión de Hinata para localizar el punto exacto del enemigo, los insectos de Shino para espiar al enemigo y el Genjutsu de Kurenai para atrapar al enemigo.
Equipo 10 ( Equipo Asuma):
Miembros: Sarutobi Asuma, Hatake Kakashi, Nara Shikamaru, Akimichi Chouji, Yamanaka Ino.
Líder de Grupo: Sarutobi Asuma, Hatake Kakashi
Este equipo tiene una táctica llamada Ino-Shika-Cho.Utilizaron esta táctica cuando se enfrentaron contra los hermanos Fujin y Raijin. Los miembros de este equipo pertenecen a clanes fuertes de la aldea por lo cual los tres usan técnicas secretas de su clan: Shikamaru Jutsu de Posesión de Sombra, Choji el Jutsu: Multi Tamaño, Ino el Jutsu: Cambio de Cuerpo y Mente.
Equipo 9 (Equipo Gai):
Miembros: Maito Gai, Hyuuga Neji, Rock Lee, TenTen.
Líder de Grupo: Maito Gai
El equipo se especializa en el combate cuerpo a cuerpo ya que 3 de ellos son grandes expertos en taijutsu y el miembro restante en el uso de armas.
Equipo Baki (Hermanos de la Arena):
Miembros: Temari, Gaara, Kankurou, Baki
Líder de Grupo: Baki
El Equipo Baki o mejor conocido como "Los Hermanos de la Arena" es un grupo de ninjas de Sunagakure que estaba formado por los tres hijos del Cuarto Kazekage, Temari, Gaara y Kankurō los cuales estaban bajo la vigilancia de uno de los Jōnin de su aldea llamado Baki. Los miembros del grupo se caracterizan por ser luchadores de larga distancia y un estilo de pelea que los identifica.
Los 5 del sonido:
Miembros: Sakon-Ukon, Kidoumaru, Tayuya, Jiroubou
Líder de Grupo: Kimimaro
Este grupo fue considerado como la guardia élite de Orochimaru, este grupo detuvo a los anbu de Konoha para que eviten entrometerse en la lucha entre Orochimaru y Sandaime Hokage. Eran 4 shinobis y guardaespaldas de élite de Orochimaru, cada uno tenía el sello maldito de Orochimaru.